Chiusa nel 2014 Scarpino 2, sono iniziati i lavori per Scarpino 3, dove verranno costruiti un impianto di separazione secco-umido e un biodigestore. Ma il Piano metropolitano dei rifiuti prevede interventi su tutto il territorio, anche fuori dal capoluogo.  Nella discarica di Scarpino, situata in una vasta conca a 700 metri di altezza sulle alture di Sestri Ponente, a partire dal 1968 sono stati sepolti 10 milioni di metri cubi di rifiuti, e lo strato del cosiddetto ‘corpo rifiuti’ raggiunge in alcuni punti gli 80 metri di profondità. La storia di Scarpino è molto complessa, e molto complessi sono anche i problemi ambientali che ha provocato: il più noto è la gestione del percolato, il prodotto liquido della fermentazione dei rifiuti, molto più abbondante nel normale a causa dell’enorme quantità di sorgenti sotterrane che, nascendo nel bacino idrografico su cui poggia la discarica, scorrono dentro il corpo rifiuti. Le due fasi di Scarpino sono state quelle degli anni Settanta e Ottanta, la cosiddetta Scarpino 1, coi rifiuti gettati direttamente sul terreno senza impermeabilizzazioni, e quella iniziata nel 1995, Scarpino 2, progettata con criteri scientifici di ingegneria ambientale, fra cui l’impermeabilizzazione del fondo su cui poggia, la gestione del percolato e la costruzione al suo interno di impianti per l’estrazione e lo sfruttamento energetico del biogas prodotto dalla fermentazione del corpo rifiuti. Oggi, sia Scarpino 1 che 2 sono chiuse, e sono in corso su entrambe lavori di messa in sicurezza. L’improvvisa chiusura di Scarpino 2 nel 2014 per esaurimento del volume consentito ha innescato un grave danno al ciclo dei rifiuti di Genova e di altri comuni circostanti, che hanno dovuto incaricare Amiu, l’azienda di gestione del ciclo, di portare i rifiuti fuori Liguria, con costi accresciuti per la cittadinanza. Per questo, la Città metropolitana di Genova è chiamata, insieme al Comune e alla stessa Amiu, a risolvere il problema in tempi brevi: oggi sta quindi per partire Scarpino 3, la terza fase di vita della grande discarica, Come spiega in questo video Enrico Pignone, consigliere delegato all'ambiente della Città metropolitana, Scarpino 3 sta già nascendo: sono infatti in corso i lavori per costruire un grande impianto di separazione secco-umido, perché qui verrà portata la parte 'indifferenziata' del rifiuto, ancora importante anche se nel tempo sarà via via sempre meno consistente con la crescita della raccolta differenziata. A valle dell'impianto di separazione secco-umido sarà poi costruito un biodigestore per trattare la parte organica. Per quel che riguarda la raccolta differenziata, il piano industriale di Amiu prevede la costruzione nel quartiere genovese di Campi della 'Fabbrica del riciclo', dove verranno trattati tutti i materiali riciclabili. Ma nella Città metropolitana non c’è solo Scarpino, anche se è il sito di gran lunga più importante. Ci sono tanti altri piccoli impianti da ammodernare o da costruire ex novo nei 67 comuni del territorio. La Città metropolitana è chiamata quindi a occuparsi anche di questo, attraverso il Piano metropolitano dei rifiuti, che attua la legge regionale sui rifiuti del 2015, molto innovativo perché non parla più di raccolta differenziata ma di recupero della materia.​